Основные направления научной деятельности университета являются: актуальные проблемы социально-экономического развития, экологии и охраны окружающей среды, информатизации науки и гуманитарные и социальные науки и образование. Также задачей является дальнейшее развитие и повышение качества и эффективности организации и проведения научно-исследовательской работы в вузе. 

Реализация научной деятельности осуществляется посредством: методов и подходов в решении задач, связанных с исследованием и внедрением передового опыта в сфере актуальных научных направлений, обмена опытом, проведения сравнительного анализа и обсуждение результатов научных работ, обсуждение перспектив развития научных направлений в рамках отечественных и зарубежных школ, установление научных связей между молодыми и ведущими учеными для повышения уровня научных исследований, расширения возможностей внедрения результатов исследований в реальную практику. 

    Университеттин илимий ишмердүүлүгүнүн негизги багыттары: социалдык-экономикалык өнүгүүнүн, экологиянын жана айлана-чөйрөнү коргоонун актуалдуу көйгөйлөрү, илимди, гуманитардык жана коомдук илимдерди жана билим берүүнү маалыматташтыруу. Ошондой эле, университетте илимий-изилдөө иштерин уюштуруунун жана өткөрүүнүн сапатын жана натыйжалуулугун андан ары өркүндөтүү жана жогорулатуу милдети турат.

Илимий ишмердүүлүктү жүзөгө ашыруу: тиешелүү илимий багыттар жаатында алдыңкы тажрыйбаны изилдөө жана киргизүү менен байланышкан көйгөйлөрдү чечүүдө методдор жана ыкмалар, тажрыйба алмашуу, илимий иштин натыйжаларын салыштырмалуу талдоо жана талкуулоо, ата мекендик жана чет өлкөлүк мектептердин алкагында илимий багыттарды өнүктүрүүнүн келечегин талкуулоо, илимий изилдөөлөрдүн деңгээлин жогорулатуу үчүн жаш жана алдыңкы окумуштуулардын ортосунда илимий байланыштарды орнотуу, изилдөөнүн натыйжаларын чыныгы практикага киргизүү мүмкүнчүлүктөрүн кеңейтүү.

Илимий ишмердүүлүктү уюштуруу кызматкерлердин, докторанттардын, аспиранттардын жана ЖОЖдордун студенттеринин изилдөө иштеринен турат. Илимий-изилдөө иштери (мындан ары - ИЗИ) университеттин бекитилген илимий-изилдөө планынын негизинде жүргүзүлөт. Изилдөөнүн актуалдуулугу университетте иштеген конкреттүү окумуштуулардын жана аймактын кызыкчылыгы менен аныкталат. Негизги илимий багыттардын алкагында: доктордук, кандидаттык диссертацияларды коргоо, монографияларды, макалаларды жазуу, илимий эмгектерге экспертиза жүргүзүү, профессордук-окутуучулук курамдын ар кандай деңгээлдеги илимий иш-чараларга катышуусу, студенттердин илимий-изилдөө иштерин көзөмөлдөө, аспиранттардын ишине илимий жетекчилик кылуу.

Илимий иш чөйрөсүндөгү негизги функциялар:

• Илимий-изилдөөнүн иштеринин жыйынтыктарына мониторинг жүргүзүү жана анализ кылуу.

• Университеттин илимий жана практикалык иш-чараларынын жылдык планын түзүү.

• Илимий изилдөө иштерин нормативдик-методикалык жактан камсыз кылуу.

• БМУнун илимий-изилдөө иштерин маалыматтык камсыздоо.

• Кызматкерлердин жарыялоо ишин, анын ичинде БМУ жарчысында өнүктүрүү.

• Университеттин илимий жана практикалык иш-чараларын уюштуруу жана өткөрүүгө катышуу.

• Университеттин илимий жетишкендиктерин жайылтуу боюнча ишти уюштуруу.

Университеттин профессордук-окутуучулук курамынын иши мыйзамдын чегинде жүзөгө ашырылат жана жогорку окуу жайдан кийинки билим берүүнүн 36 адистиги боюнча жана 9 илимий чөйрөдө илимий иш жүргүзүү укугуна лицензия бар.

1. Тарых илимдери:

1) 07.00.02 - Кыргызстандын тарыхы

2) 05.25.03 - Китепкана таануу, библиография жана китеп таануу

2. Экономикалык илимдер:

1) 08.00.01 - Экономикалык теория

2) 08.00.05 - Экономика жана улуттук экономиканы башкаруу

3) 08.00.10 - Каржы, акча жүгүртүү жана кредит

4) 08.00.12 - Бухгалтердик эсеп жана статистика

3. Филология илимдери:

1) 10.01.01 - Кыргыз адабияты

2) 10.01.02 - Орус адабияты

3) 10.01.03 - Чет өлкөлөрдүн элдеринин адабияты

4) 10.01.09 - Фольклор

5) 10.01.10 – Журналистика

4. Лингвистика:

1) 10.02.01 - Кыргыз тили

2) 10.02.02 - Орус тили

3) 10.02.04 - герман тилдери

4) 10.02.06 - түрк тилдери

5) 10.02.19 - Тил теориясы

6) 10.02.20 - Салыштырмалуу тарыхый, типологиялык жана салыштырма лингвистика

5. Педагогикалык илимдер:

1) 13.00.01 - Жалпы педагогика, педагогика жана билим берүү тарыхы

2) 13.00.02 - Окутуунун жана тарбиялоонун теориясы жана методикасы

6. Психология илимдери:

1) 19.00.01 - Жалпы психология, инсандык психология, психология тарыхы

2) 19.00.05 - Социалдык психология

3) 19.00.07 - Билим берүү психологиясы

4) 19.00.12 - Саясий психология

7. Социологиялык илимдер:

1) 22.00.01 - Теория, методология жана социология тарыхы

2) 22.00.04 - Социалдык түзүм, социалдык институттар жана процесстер

3) 22.00.08 - Башкаруу социологиясы

8. Саясий илимдер:

1)   23.00.01 - Саясат теориясы, тарых жана саясат таануу методологиясы

2) 23.00.02 - Саясий институттар, этносаясий конфликтология, улуттук жана саясий процесстер жана технологиялар

9. География илимдери:

25.00.07 - Гидрогеология

25.00.23 - Физикалык география жана биогеография, топурак географиясы жана ландшафттык геохимия

25.00.24 - Экономикалык, социалдык жана саясий география

25.00.27 - Жер гидрологиясы, суу ресурстары, гидрохимия

25.00.36 - Геоэкология

    The main directions of scientific activity of the university are current problems of socio-economic development, ecology and environmental protection, informatization of science and humanities and social sciences and education. Also, the task is to further develop and improve the quality and efficiency of the organization and conduct of research work at the university.

The implementation of scientific activities is carried out through methods and approaches in solving problems related to research and implementation of best practices in the field of relevant scientific areas, exchange of experience, comparative analysis and discussion of the results of scientific works, discussion of prospects for the development of scientific areas within domestic and foreign schools, establishment of scientific links between young and leading scientists to increase the level of scientific research, expand opportunities for implementing research results in real practice.

The organization of scientific activity consists of research work of employees, doctoral students, postgraduates and students of the university. Research works are carried out on the basis of the approved research works plan of the university. The relevance of research is determined by the interests of specific scientists working at the university, the interests of the region. Within the main scientific fields: doctoral, master's theses, writing books, articles, examination papers, participation of faculty in scientific events of different levels, management of student scientific research, scientific supervision of postgraduate students.

Main functions in the field of scientific activity:

• Monitoring and analysis of research works

• Formation of the annual plan of scientific and practical activities of the university

• Normative and methodological support of research works

• Information support of BSU research works

• Development of the publication activity of employees, including in the Bulletin of BSU.

• Participation in the organization and conduct of scientific and practical events of the University.

• Organization of activities to promote the scientific achievements of the University.

The work of the teaching staff of the university is carried out within the framework of the law and there is a license for the right to carry out scientific activities in 36 specialties of postgraduate education and in 9 scientific branches:

1. Historical sciences:

1) 07.00.02 - History of Kyrgyzstan

2) 05.25.03-Library Science, Bibliography and Book science

2. Economic Sciences:

1) 08.00.01-Economic theory

2) 08.00.05-Economy and management of the national economy

3) 08.00.10-Finance, money circulation and credit

4) 08.00.12-Accounting and Statistics

3. Philological sciences:

1) 10.01.01-Kyrgyz literature

2) 10.01.02 – Russian literature

3) 10.01.03-Literature of the peoples of foreign countries

4) 10.01.09-Folklore studies

5) 10.01.10-Journalism

4. Linguistics:

1) 10.02.01 – Kyrgyz language

2) 10.02.02 – Russian language

3) 10.02.04-Germanic languages

4) 10.02.06-Turkic languages

5) 10.02.19-Language theory

6) 10.02.20-Comparative historical, typological and comparative linguistics

5. Pedagogical sciences:

1) 13.00.01-General pedagogy, history of pedagogy and education

2) 13.00.02-Theory and methodology of teaching and upbringing

6. Psychological sciences:

1) 19.00.01-General Psychology, Personality psychology, History of Psychology

2) 19.00.05-Social Psychology

3) 19.00.07-Educational psychology

4) 19.00.12-Political psychology

7. Social Sciences:

1) 22.00.01-Theory, methodology and history of sociology

2) 22.00.04-Social structure, social institutions and processes

3) 22.00.08-Sociology of Management

8. Political Science:

1) 23.00.01-Theory of Politics, history and methodology of political science

2) 23.00.02-Political institutions, ethnopolitical conflictology, national and political processes and technologies

9. Geographical sciences: 

25.00.07-Hydrogeology

25.00.23-Physical Geography and biogeography, Soil geography and landscape Geochemistry

25.00.24-Economic, social and political geography

25.00.27-Land hydrology, water resources, hydrochemistry

25.00.36-Geoecology